在我国，自然资源的合理利用与保护是实现可持续发展的重要内容。协议出让自然资源使用权作为一种特殊的资源配置方式，在法律框架下有着明确的适用范围和规定。协议出让是指不通过公开招标、拍卖、挂牌等竞争性方式，而是通过双方协商达成一致，将自然资源使用权出让给特定使用者。这种方式在特定情形下具有合理性和必要性，但也必须严格符合法律规定，防止滥用。

首先，协议出让适用于国家重点扶持的能源、交通、水利等基础设施建设项目。这些项目通常具有战略性意义，且投资规模巨大、建设周期长，涉及公共利益。在这种情况下，通过协议出让可以确保项目的连续性和稳定性，避免因竞争性出让导致的项目中断或成本增加。

其次，涉及国家安全和公共利益的建设项目也符合协议出让的条件。例如，国防工程、保密项目以及涉及国家核心利益的资源开发项目，通过协议出让能够更好地控制资源使用方向，确保国家安全不受威胁。

此外，法律规定可以采用协议出让的情形还包括原国有企业改制涉及的自然资源使用权转让。这类企业通常在特定区域内拥有长期的资源使用权，在改制过程中，为了保持企业经营的连续性和职工安置的稳定，通过协议出让可以有效避免不必要的波动。

另一个适用情形是，因公共设施和公益事业发展需要使用自然资源的项目。例如，学校、医院、养老院等公共设施的建设，通过协议出让可以确保这些公益项目的顺利实施，从而更好地服务社会。

最后，法律还规定了“其他情形”可以协议出让，但这一兜底条款需严格解释，通常需经相关部门批准并向社会公示，以防止滥用。

总结而言，协议出让自然资源使用权虽然在一定程度上突破了竞争性出让的原则，但其在特定情形下具有重要意义。通过法律明确规定的适用范围，协议出让不仅能够保障国家重大项目的实施，还能促进公共利益和基础设施的发展。然而，为了防止权力滥用和资源浪费，协议出让必须严格依法进行，确保公开、公平、公正。这不仅是资源合理利用的要求，也是法治精神的体现。