在土地利用和开发过程中，集体经营性建设用地入市交易的合法性和合规性是至关重要的。然而，由于各种原因，如程序缺失、文件不完备等，可能会导致交易手续不全的情况发生，从而引发一系列的法律纠纷。本文将探讨此类纠纷的可能解决方案以及相关的法律分析。

首先，当集体经营性建设用地入市交易手续不全时，最直接的方法是通过补办相关手续来解决问题。这可能涉及重新准备或补充必要的文件和证明材料，以满足法律规定的要求。此外，各方当事人可以通过协商达成一致意见，例如由卖方提供额外的担保或者买方接受部分退款等方式来解决争议。

其次，如果双方无法自行解决纠纷，可以考虑通过仲裁或诉讼的方式来解决。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定，对于涉及土地权益的纠纷，可以依法申请仲裁或者向人民法院提起诉讼。仲裁具有高效、保密的特点，而诉讼则提供了更为严格的司法审查机制，两种方式均可以为当事人在解决纠纷中提供有效的法律保障。

再者，为了预防此类纠纷的发生，有关政府部门应当加强对集体经营性建设用地入市交易的监管和管理。这包括对交易流程进行规范和完善，确保每一笔交易都符合法定要求；同时，加大对违法行为的查处力度，提高违法成本，形成有效震慑，维护市场的公平竞争秩序。

最后，从法律角度看，集体经营性建设用地入市交易应当严格遵守国家的法律法规，任何一方都不能违反法律的强制性规定。无论是交易主体还是相关部门，都必须按照既定的规则行事，以确保交易的合法性和公正性。一旦出现问题，应当及时采取措施加以纠正，并追究责任人的法律责任。

综上所述，解决集体经营性建设用地入市交易手续不全引发的纠纷，需要综合运用多种手段，包括但不限于补办手续、协商、仲裁、诉讼、加强监管等多种途径。同时，也需要各方的共同努力，遵守法律底线，共同维护市场秩序和社会稳定。只有这样，才能真正实现土地资源的合理配置和优化使用。