历史遗留的用益物权纠纷是指由于历史原因、法律变迁或土地所有权和使用权分离等原因导致的有关土地使用权的争议。这类纠纷通常涉及复杂的法律问题和长期的历史背景，对司法机关来说是一个巨大的挑战。以下是关于此类纠纷的处理原则与法律应对的相关法律知识和案例分析。

一、处理原则

1. 尊重历史事实原则：在解决历史遗留的用益物权纠纷时，首先要尊重历史事实，包括土地的使用情况、权属关系等，不能忽视或者更改历史事实。
2. 依法依规原则：无论何时何地，任何形式的用益物权都必须遵守法律规定，即使是历史遗留的问题也不例外。法官在判决时要依据现行有效的法律法规进行裁决。
3. 公平公正原则：历史遗留的用益物权纠纷往往涉及到多方利益，因此在处理过程中要确保公平公正的原则，保护各方当事人的合法权益。
4. 协调发展原则：在处理历史遗留的用益物权纠纷时，应当考虑到社会经济发展的需要，尽量避免因纠纷而阻碍当地的发展。
5. 妥善解决原则：历史遗留的用益物权纠纷往往时间跨度大，影响深远，因此应本着妥善解决的原则，尽可能通过调解、和解等方式化解矛盾，维护社会的和谐稳定。

二、法律应对

1. 《中华人民共和国宪法》规定了国家对土地的所有权以及公民对其使用的权利，为解决历史遗留的用益物权纠纷提供了基本的法律依据。
2. 《中华人民共和国土地管理法》及其配套法规是解决土地使用权问题的主要法律文件，其中明确了土地所有者和使用者之间的权益界限，以及发生纠纷时的解决途径和方法。
3. 最高人民法院发布的指导性案例也为法院审理历史遗留的用益物权纠纷案件提供了参考。例如，在某农村宅基地使用权纠纷案中，最高院指出，即使宅基地使用权证存在瑕疵，但若农民已经实际占有和使用该宅基地多年且无其他住房，则应考虑历史因素和社会公共利益，确认其使用权。

三、相关案例分析

1. A省B市C村宅基地使用权纠纷案：村民甲多年来一直居住在一块宅基地上，但由于历史原因，这块地的权属不明。后来，另一方主张对该地块享有使用权并提起诉讼。法院根据《土地管理法》和相关政策，综合考虑甲的实际占用时间和历史沿革，最终认定甲对该宅基地享有使用权。

2. D省E市F区国有林场承包经营权纠纷案：某国有林场的承包经营合同到期后，原承包人继续在该林场上种植树木并进行管理，但新接手的单位要求其立即退出。经过调查发现，原承包人在合同结束后并未得到明确的通知，而且其在林场的投入较大。法院认为，尽管合同已过期，但基于诚实信用原则和对历史事实的尊重，新接手单位应当给予原承包人合理的补偿后再让其退出。

综上所述，历史遗留的用益物权纠纷因其复杂性和敏感性，需要遵循严格的法律程序和明确的法律原则来进行处理。同时，还需要结合实际情况，灵活运用法律手段，以确保纠纷得到妥善解决，保障各方的合法权益，促进社会的和谐与发展。