在探讨自然资源特许使用权纠纷时，我们不妨以渔业资源为例来进行深入分析。渔业资源的开发和利用通常涉及复杂的法律问题，包括但不限于海洋权益、环境保护、资源共享和经济利益分配等。以下将通过一个具体的案例来解析此类纠纷的法律适用指南。

案例背景：在某沿海国家，A公司和B公司分别获得了两个相邻海域的渔业捕捞特许权。然而，在实际操作中，两公司在各自的专属区域内发现了对方的渔船在进行捕捞活动。这一行为违反了双方的特许协议，也引发了严重的资源竞争和环境破坏问题。

法律适用分析：首先，我们需要明确的是，自然资源的所有权属于国家。因此，任何个人或组织想要使用这些资源都必须获得政府的许可和授权。在这个案例中，A公司和B公司的特许权是由政府颁发的，它们在使用这些资源时必须遵守相关法律法规。

其次，我们需要考虑合同法的适用。A公司与B公司之间的特许权合同是具有法律效力的，它们应该严格按照合同的约定进行作业，不得侵犯对方的权利。如果发现违约行为，受损方可以通过诉讼途径要求赔偿损失并制止侵权行为。

此外，环境保护法也是处理这类案件的重要法律依据。由于过度捕捞和非法跨界捕鱼可能导致生态平衡被打破，法院在判决时会考虑到保护环境和维持生物多样性的因素。对于违反环保规定的行为，可能需要承担相应的法律责任，包括罚款、停止作业甚至撤销特许权等。

最后，国际法和国际公约也可能影响案件的裁决结果。例如，《联合国海洋法公约》对各国在其领海以外的公海区域行使主权权利进行了规范。如果涉及到跨国界的渔业争端，则需要根据该公约和相关双边条约来确定各国的权利和义务。

总结：自然资源特许使用权纠纷往往牵涉到多方面的法律考量，包括所有权、合同法、环境保护和国际法等多个领域。在面对此类争议时，各方应本着公平合理的原则寻求解决方案，同时确保法律的公正实施和对环境的尊重。作为专业的法律编辑，我建议在解决此类纠纷时，应充分了解并遵循相关法律规定，并通过协商、仲裁或诉讼等方式来解决分歧。