用益物权是一种他物权，它是指权利人对他人所有的不动产或者动产依法享有占有、使用和收益的权利。在中国大陆地区，《中华人民共和国民法典》对用益物权的种类有明确的规定，包括土地承包经营权、建设用地使用权、宅基地使用权和地役权等。这些权利在性质上是排他的，即同一标的物上不能同时设立两个相冲突的用益物权。

不动产登记制度则是为了保障不动产交易的安全性，维护当事人的合法权益，以及提高不动产市场的效率而建立的。根据《中华人民共和国民法典》第二百零八条至第二百一十四条的相关规定，不动产的所有权、抵押权和其他物权的设立、变更、转让和消灭，应当依法按照法律规定进行登记。未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。因此，不动产登记是对不动产权利的一种公示方式，具有公信力和对抗第三人的效力。

用益物权作为不动产上的重要权益，其设定、变动也必须经过不动产登记程序才能产生法律效力。例如，土地承包经营权的取得、转让，建设用地使用权的出让、划拨，以及宅基地使用权的批准、转让等，都需要办理相应的登记手续。通过登记，不仅可以确认权利人的合法地位，还可以为后续的交易提供可靠的法律依据。

然而，实践中也存在一些特殊情况，比如农村集体土地的流转、历史遗留的不动产权属纠纷等问题，可能会涉及到用益物权的上位概念和不动产登记之间的复杂关系。例如，在一些情况下，由于历史原因导致的不动产权属不清，可能需要在进行确权登记的同时解决用益物权的归属问题；而在其他情况下，如城市更新改造过程中，也可能涉及原住民的土地使用权转移和新开发项目的建设用地使用权获取之间的协调。

综上所述，用益物权的上位概念与不动产登记之间有着紧密的联系。一方面，用益物权的设立、变动依赖于不动产登记制度的实施；另一方面，不动产登记的内容也需要准确反映用益物权的实际情况。两者相互影响，共同构成了保护不动产权利人合法权益的重要机制。在实际操作中，需要确保每个环节的合规性和透明度，以确保法律的公正执行和社会的稳定发展。