在当前城市化进程加速的背景下，土地资源的高效利用成为社会关注的焦点。然而，由于多种原因，部分土地存在长期闲置的现象。根据我国相关法律规定，土地闲置超过一定期限，政府有权依法无偿收回，这无疑对土地使用权人造成了一定的经济损失。那么，当建设用地用益物权因土地被收回而遭受损失时，如何科学合理地计算损失，成为亟待解决的问题。

首先，需要明确的是，建设用地用益物权的损失主要体现在土地使用权人预期可获得的收益减少。根据《中华人民共和国物权法》和《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地使用权人在取得土地使用权时，通常已经支付了土地出让金，并进行了相关基础设施的建设或准备工作。因此，损失计算的首要步骤是评估土地使用权人在土地被收回时已经投入的资金成本。这包括直接投入的建设资金、前期开发费用以及其他与土地开发相关的支出。

其次，损失计算还应考虑土地使用权人预期可获得的未来收益。这种收益通常基于土地使用权人对土地的开发计划和市场预期。例如，如果土地计划用于商业开发，则应考虑商业地产的租金收入或销售收入。如果土地计划用于工业用途，则应考虑工业生产的产值和利润。在评估未来收益时，需要采用合理的市场分析方法，并考虑市场波动和风险因素。

此外，还应考虑土地收回过程中可能产生的其他间接损失。例如，土地使用权人可能已经签订了相关的合作协议或租赁合同，因土地被收回而导致的违约赔偿也应纳入损失计算范围。同时，土地使用权人可能还需要承担一定的员工遣散费用或合同解除费用，这些间接损失也应得到合理补偿。

在具体操作中，可以采用现金流量折现法（DCF）来评估土地使用权人的损失。该方法通过预测土地未来可能产生的现金流，并将其折现至现值，以确定土地使用权人的实际损失。这种方法能够较为准确地反映土地使用权人的预期收益损失，并为政府补偿提供科学依据。

综上所述，建设用地用益物权损失的计算需要综合考虑直接投入、未来收益和间接损失等多方面因素。通过科学的评估方法，可以确保土地使用权人的合法权益得到合理保障，同时也促进土地资源的高效利用和社会的和谐发展。政府在收回闲置土地时，应充分考虑土地使用权人的损失，并通过合理的补偿机制，实现公共利益和私人权益的平衡。